小儿肺炎会反复发作，最常见的反复发作，是因为病原学不同所导致。例如一位肺炎患者再次复发，有可能第一次为肺炎链球菌引起，但下次又感染病毒引起肺炎，即便医生诊断同为肺炎，但其实由不同的病原学引起的肺炎。

另外，还有一种肺炎支原体，因为治疗疗程不够、药物剂量不够、用药不够准确等原因，支原体未从体内清楚，从而引起肺炎复发。