输尿管癌的解剖学部位比较特殊，其上端连接于肾脏、肾盂，下端连接于膀胱，因此当输尿管癌手术治疗结束以后，其化疗包括两部分，即膀胱灌注化疗与全身静脉化疗。

膀胱灌注化疗的目的是，将输尿管部分脱落的肿瘤细胞有可能种植在膀胱黏膜上，因此通过膀胱灌注化疗的方法，最大限度地提高膀胱内化疗药物的浓度，直接杀伤有潜在种植在膀胱黏膜的恶性肿瘤，全身化疗实施目的是，为防止肿瘤细胞全身转移和局部转移的发生。

对于化疗方案选择主要包括蒽环类药物如表柔比星，代谢类药物如吉西他滨、羟基喜树碱，部分患者也可以采用铂类药物联合化疗，无论如何铂类药物使用、吉西他滨使用是目前输尿管癌的基础用药。