新生儿呼吸窘迫综合征的患儿于生后不久，也就是生后4-12小时开始出现进行性呼吸困难、呼吸急促，每分钟呼吸达到60次/分以上，还可以伴有呻吟、面色、口唇的发绀、吸气性三凹征，严重的可以出现呼吸不规则、呼吸暂停、呼吸衰竭。在生后24-48小时是病情最重的时候，病死率比较高。

经过肺表面活性物质的替代治疗，无创呼吸支持治疗和机械通气以及良好的营养支持治疗后，相当一部分患儿可以存活。新生儿呼吸窘迫综合征具有自限性，能够生存3天以上的患者，肺成熟度增加，可以逐渐恢复。但是较多婴儿在病程中可并发肺部感染，或者出现动脉导管未闭，出现持续肺动脉高压，这种情况可以使病情再度加重，因此需注意并发症的治疗。