手足口病的隔离时间依据传染性来确定，因此要一直隔离到患者不具有传染性为止。一旦确诊手足口病，患儿应在家中隔离，直到体温正常、皮疹消退、水疱结痂，大约需要2周，因此隔离的时间从起病开始算为2周左右。

手足口病的传染性非常强，发病后的1周内传染性最强。手足口病主要是通过粪-口途径进行传播，也可以通过呼吸道飞沫进行传播，因此隔离期间要勤洗手，对患儿所用的物品进行彻底消毒，可采用消毒液浸泡及煮沸消毒，不能浸泡或煮沸的物品可在阳光下进行暴晒。