针对于肺吸虫病的患者，一旦诊断明确以后建议尽快使用药物进行病原学治疗。在这里不使用手术进行首选治疗，主要是由于肺吸虫病患者肺部病变呈现散在性，不适宜进行手术治疗，因此目前多使用药物进行治疗为主。

现在首选的药物主要是吡喹酮，使用这个药物，一方面是由于药物副作用比较轻微，大多数人体可以耐受。另一方面药物的治疗疗程比较短，使用3天即可，多数患者都能够坚持服药，患者的依从性比较好。并且在使用这个药物以后通过临床观察患者都能得到比较好的疗效，表现为血痰消失、痰中得虫卵转阴、肺部病变吸收也很好。若患者有胸腔积液时经过吡喹酮治疗，胸腔积液也可以明显减少，甚至消失。

除了吡喹酮以外，患者也可以使用阿苯达唑进行病原学治疗，但是使用时间就比吡喹酮长，需要连续使用7天。