颅脑磁共振因其具有非损伤性，具有多平面成像和对流动敏感的特点，已成为研究脑脊液生理病理的理想手段。一般婴儿脑积水磁共振主要表现为脑室系统扩大、脑室旁水肿、皮质变薄、周围脑组织受压等，运用磁共振门控电影相位对比序列，对阻塞性脑积水、正压性脑积水、交通性脑积水等疾病的脑脊液进行定量测定，对其病理、发病机制有更深的认识。

磁共振对脑脊液循环障碍疾病的脑脊液流动情况能精确的定量测定，显示不同特征，明确临床诊断。利用磁共振对脑室分流前后的交通性脑积水进行定量分析，能估计其术后效果，对临床治疗有一定的指导意义。

脑积水的患儿，其磁共振的影像也有所改变，特殊强调的是部分孕期胎儿脑积水，可提前做胎儿磁共振，从而发现胎儿脑室的大小以及脑组织有无异常结构，进而对胎儿是否能够出生，或出生后的治疗有一定的指导意义。