脑炎主要是和胃肠型感冒、普通的胃肠炎来鉴别。

因为，胃肠炎也会出现呕吐，会因为呕吐之后进食困难导致精神差，也可能会出现发热，比较容易诊断为脑炎。但是，胃肠型的呕吐，往往会有腹痛或者进食不洁食物的病史。此外，还需要与引起头痛的疾病进行鉴别，如偏头痛或者是副鼻窦炎或者是血管神经性的头痛，都可能会引起头痛，容易诊断为脑炎。

偏头痛一般是慢性起病，但是结核性脑炎或者是隐球菌性脑炎也是慢性起病，所以头痛时，需要住院做影像学、脑血流图检查来鉴别，凭门诊医生看无法鉴别。