小儿疱疹性咽峡炎和手足口病的区别主要是以下几点：

1、病原学稍有不同，尽管两个都是由肠道病毒感染引起，但是小儿疱疹性咽峡炎以柯萨奇病毒病毒为主，而手足口病除了柯萨奇病毒之外，还有肠道病毒71型等20多种肠道病毒。

2、疱疹的分布不同，疱疹性咽峡炎主要分布在口腔咽峡部，而手足口病除了口腔之外还有手、足、臀部、膝关节等。

3、病程可能也有一定的差别，严重程度也有所不同，一般的疱疹性咽峡炎病情相对较轻，病程直接大概在1周左右，而手足口病尽管大部分病情都很轻，但是有少部分也非常严重，可能会引起心肺功能衰竭、颅内病变，风险和预后都比疱疹性咽峡炎大。