甲状腺炎和咽炎在临床上的区别主要表现在以下三点：

第一、甲状腺炎，绝大多数是亚急性甲状腺炎，其发病原因通常在一周前有上呼吸道病毒感染，所以致病原是病毒；咽炎其致病菌可以包括细菌、病毒或其他微生物，甚至有害的工业气体。

第二、从临床表现上来说，亚急性甲状腺炎主要表现为颈部疼痛，有时比较剧烈；咽喉炎主要表现为呼吸道感染或者是咳嗽，甚至恶心等症状。

第三、从治疗上来说，亚急性甲状腺炎治疗通常需要激素治疗，临床常用的药物是泼尼松；而咽炎治疗主要是抗病毒、抗感染、抗生素治疗，同时要避免诱因，比如隔绝有害气体的刺激。