多囊卵巢综合征的治疗方式包括药物治疗与手术治疗，其中药物治疗为主，手术治疗则为辅助治疗。手术治疗包括腹腔镜下双侧卵巢打孔术，其手术方式为对双侧的卵巢打孔3-6个左右，但打孔的深度与打孔数量可导致患者的卵巢功能下降及卵巢周围组织出现粘连。

此外，手术治疗还包括卵巢的楔形切除术，即将卵巢1/3的组织切除，此方法虽可明显改善患者的症状，但卵巢所受创伤较大，且使卵巢周围组织发生粘连的几率增高。因此，目前临床上并不提倡选用手术方式治疗多囊卵巢综合征。