肝内胆管细胞癌常采用AJCC分级法，根据肝脏原发肿瘤的情况，淋巴结是否有转移，是否有远处转移等因素进行。按照病情的早晚分为四级，Ⅳ级属较晚期，又分为ⅣA、ⅣB，ⅣB期为更晚，淋巴结转移或远处转移归结于ⅣB期。

分期越晚，治疗效果越差，手术的范围也更大，如Ⅰ期肿瘤，若没有侵犯到肝脏内血管，局部切除即可，若侵犯到重要肝脏的血管，要进行大范围的肝切除才可清除病灶，手术的难度及创伤和风险大大增加。