多发性肝癌和多发性肝囊肿的区别，主要在于多发性肝癌属于肝脏的恶性疾病，多发性肝囊肿属于肝脏的一个良性疾病。多发性肝癌属于肝脏相对晚期的疾病，由于肝脏部位有多个肝癌组织，容易形成复发或转移，不容易治疗。

多发性肝囊肿由于是良性的疾病，多发性的肝囊肿相对囊肿比较多，占据了大部分的肝脏组织，而且手术切除是有效的治疗手段。多发性肝癌的治疗主要是通过手术、射频消融、放疗、靶向治疗、化疗、免疫等综合治疗，多发性肝囊肿主要是通过手术治疗。