甲状腺囊腺瘤如果比较小，没有明显的压迫症状，可以考虑随访观察，但是如果比较大，压迫到周围器官时，可以考虑治疗。甲状腺囊腺瘤的治疗主要就是抗甲状腺药物治疗、放射性核素碘治疗、手术治疗以及介入栓塞治疗。

目前比较方便创伤较小的方法是穿刺抽液，在超声引导下准确定位囊腺瘤的位置，用穿刺针抽取内部液体从而使得囊腺瘤缩小，如果囊内液体反复出现，可以考虑无水酒精注射或者采取手术治疗。