甲状腺微创消融术的副作用、并发症较少，手术可以保护正常的甲状腺组织不受损害，但术中、术后可引起相关副作用，如出血、神经以及血管损伤、发热反应、疼痛，发生几率低，可以对症处理。

如术后适当使用止痛药，可缓解疼痛不适；给予动脉加压30分钟到两个小时，可以避免出血的发生；轻微发热反应，不需特殊治疗，2-3天可以自动消失；神经、血管损伤属于严重并发症，但手术操作规范，隔离液注射准确，一般均可避免发生。手术后患者恢复快，一般1-2天即可恢复正常工作。