引起疱疹性咽峡炎的病原体主要是肠道病毒，包括EV71,柯萨奇病毒，当然，在病毒感染的基础上也可以合并细菌等其他病原微生物感染。小儿在引起疱疹性咽峡炎时通常会有发热，伴有咽峡部疱疹、疼痛等表现，治疗上可以进行抗病毒治疗，同时给予对症治疗。

抗病毒感染可给予应用抗病毒药物进行口服，如果合并了细菌感染可给予头孢类或者青霉素类抗生素进行治疗，合并支原体感染可给予应用大环内酯类抗生素进行治疗。在疾病期间可给予应用开喉剑喷雾剂喷于咽颊部疱疹处，可以明显缓解疱疹的疼痛，以及促进疱疹的愈合。疾病期间一定要多喝水、清淡饮食，有利于疾病的恢复。