出现疱疹性咽峡炎发烧40℃的情况，首先，要进行疱疹性咽峡炎的治疗，疱疹性咽峡炎是由于病毒性感染引起的，初期往往是单纯的病毒性感染，但是，在后期的时候很容易诱发细菌性感染。

所以，在初期的时候可以单纯使用抗病毒药物进行治疗，比如蒲地蓝消炎口服液或者利巴韦林颗粒。在后期的时候就需要结合抗生素进行治疗，建议使用头孢克肟、头孢拉定或者头孢羟氨苄进行消炎治疗。如果青霉素不过敏，还可以使用阿莫西林或者阿莫西林克拉维酸钾进行消炎治疗。发烧40℃已经算是高烧的情况，还需要使用退烧药进行降低体温。

如果是儿童，建议口服布洛芬混悬液或者对乙酰氨基酚混悬液进行退烧治疗；如果是成人，建议使用吲哚美辛栓塞到肛门中进行退烧治疗。