喉囊肿较小且无呼吸困难、出气不匀、喉咙疼痛或咽部异物感等临床症状时不易发现，出现呼吸困难、吞咽困难需手术治疗。喉囊肿有多种类型，如喉内型表现为咽部异物感，严重的呼吸困难需手术治疗，可通过间接喉镜、直达喉镜、显微镜下进行囊肿切除。

喉外型需严格区分鳃裂囊肿与甲状舌管囊肿，通过颈外入路进行手术切除；混合型需从喉内、喉外同时进行手术。喉囊肿一旦出现症状必须及时就诊否则可能出现不良反应甚至生命危险。