疱疹性口腔炎和疱疹性咽峡炎临床上有很多相似之处，区别主要包括以下：

1、病毒感染类型不一样，疱疹性口腔炎主要是单纯疱疹病毒感染所导致，疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇A组病毒所传染的，一般来说疱疹性咽峡炎的传染性可能会更强一点；

2、病变的范围不一样是疱疹性口腔炎和疱疹性咽峡炎之间最主要的区别，疱疹性口腔炎病变主要在口腔黏膜，甚至包括舌的表面还有口唇上面，而疱疹性咽峡炎病变主要局限在咽峡部，临床上包括软腭、腭舌弓、舌体后段等相关的一些部位，而且疱疹非常局限。