骨折一年后骨折断端仍然疼痛，通常是由于以下两种原因导致的：

一、骨折后一年，绝大多数骨折都已经达到了骨性愈合，但骨性愈合后并不意味骨折断端周围的软组织也顺利愈合。当产生骨折后，骨折断端的软组织会有非常明显的损伤，而损伤较重的最终可能会导致慢性迁延。虽然骨折经过治疗后痊愈，但软组织，包括筋膜、肌腱、肌肉等损伤却没有愈合，所以会导致骨折断端疼痛。

二、骨折后一年骨折断端可能没有愈合，骨折没有愈合并且骨折断端活动，仍然会导致疼痛。