肺栓塞的治疗时间至少需要3个月的抗凝治疗。选择抗凝药物以后，患者会选择不同的抗凝药物，过程中会监测患者的凝血或者新型抗凝药是不需要监测的，但是整体治疗至少3个月。3个月以后会给患者进行病情评估，如果高危因素已经去除了，而且肺栓塞已经好转，抗凝治疗就可结束。

如果患者持续高危因素不能解除，肺栓塞的抗凝治疗时间也会延长，时间要根据不同患者的具体情况，个体差异较大。对于特殊的，比如肺栓塞合并下肢静脉栓塞这样的患者，会选择使用下肢静脉滤器，有的滤器可以取出，有的长期植入。这种患者需要终身抗凝，或者有肿瘤病人抗凝时间也会较长。但是对于没有风险因素只是独立肺栓塞的患者，大部分都是在3个月左右可治好。