由于支原体肺炎吸收比较慢，即使经过有效的治疗，肺部浸润影也需要经过2-3周才能够吸收，部分患者需要延迟4-6周才能够完全吸收，所以对于常用的阿奇霉素治疗支原体，一般1天1次，疗程在2-3周。由于肺炎支原体没有细胞壁，所以青霉素或者是头孢菌素类等抗生素无效，但如果继发细菌感染，也可以根据病原学检查的结果，选择应用针对性的抗生素治疗。

针对剧烈呛咳的患者应当适当给予镇咳药。目前针对支原体常用的治疗方法除了用大环内酯类抗生素、红霉素、罗红霉素、克拉霉素、阿奇霉素之外，还常用的是氟喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、莫西沙星。1天1次口服对支原体肺炎，也有很好的疗效。