输尿管结石疼痛有以下几方面原因：

1、输尿管平滑肌痉挛：输尿管结石移动过程中，输尿管的平滑肌受到了激惹，引起平滑肌痉挛性疼痛，称为肾绞痛，疼痛严重；

2、输尿管结石引起梗阻：阻塞输尿管，上尿路积水，管腔扩张引起疼痛；

3、输尿管结石引起感染：炎症波及肾脏，引起肾盂肾炎，出现发热、腰骶疼痛；

4、血块导致输尿管梗阻：输尿管结石移动过程中摩擦输尿管管壁，引起血尿，血块堵塞输尿管、尿道，导致继发性肾绞痛。