胃间质瘤术后可能会复发，胃间质瘤症状依赖于肿瘤的大小和位置，通常没有特异性。胃肠道出血是最常见的胃间质瘤症状，而在食管吞咽困难症状往往也常见，部分患者因肠穿孔就诊，可增加腹腔种植和局部复发的风险。CT、超声内镜、消化道造影可协助胃肠间质瘤大小，局部浸润，转移位置等的判断，一般胃间质瘤都程度不同，具有潜在的恶性，其恶性程度与肿瘤的大小以及核分裂象多少相关。

超过5cm的间质瘤应该在中度危险以上，对化疗、放疗不敏感，接受过手术治疗的局限性胃肠道间质瘤患者，完整切除后，总的5年生存率为40%-55%，术后第5年的复发率变化很大，其中低危源性肿瘤为2%-15%，高危者复发率为70%-90%。目前没有特异性的用于检测胃肠道间质瘤复发的血清标志物。肿瘤典型的复发部位是手术切除床、肝脏和腹膜，肺转移罕见，所以标准做法是术后5年内每3-6个月进行一次影像学的检查，包括腹腔和盆腔CT，之后每年评估一次。胃肠道间质瘤患者初次就诊时约有11%-47%已经转移，胃间质瘤症状转移主要在肝脏、腹腔。

淋巴结和腹外转移即使在较为晚期的患者也较为罕见，转移瘤甚至可以发生在原发瘤切除后30年，小肠胃肠道间质瘤恶性程度和淋巴转移率最高，而食道、胃肠道间质瘤恶性程度低，胃肠道间质瘤良性也有复发的可能，但过程较慢，有的甚至在十年二十年之后，不为人们注意。