靶向治疗药物相对昂贵，中华慈善总会对经济条件有限的患者可以提供帮助，且部分省份已把间质瘤靶向治疗药物纳入医保报销范围。常见药物有一线药物伊马替尼，二线治疗药物舒尼替尼。

靶向治疗药物具有高度的指向性，与患者基因突变类型密切相关，药物选择取决于基因突变类型，建议患者在药物选择以及剂量调整方面，听从专业医生意见。