起搏器是可以治疗肥厚型心肌病的，尤其是左室流出道梗阻的患者。二十世纪70年代就有学者提出了应用起搏器治疗肥厚性心肌病的方法，主要是通过右心室心尖起搏，从而改变心脏的收缩顺序减轻流出道梗阻。

目前最常见的是主动螺旋电极，即将起搏电极置于右室心尖，使室间隔除极和收缩滞后，在收缩期向右室侧偏移，与左心室游离壁形成反向运动，从而增加收缩期左室流出道的面积，从而降低流出道的压力阶差，使肥厚性心肌病症状及活动耐力改善。但并不是所有类型的肥厚型心肌病都适宜植入起搏器。需要咨询专业医生明确适应症后再进行治疗。