房间隔缺损可经过超声和彩色多普勒确定诊断。超声诊断要点如下，首先二维超声直接征象可以见到房间隔回声缺失，间接征象可以在超声下见到右房、右室增大、肺动脉轻度增宽。

彩色多普勒可显示血流束方向，并可测定左、右心房的分流束，根据流束间接测量房间隔缺损的位置与直径。对于特殊类型的房间隔缺损，如原发孔型可见缺损位于房间隔下端。对于不典型的房间隔缺损患者或者合并有其他畸形的患者，有时应借助心导管的检查来确诊。