胃肠道的间质瘤有一定的遗传背景，但是并不等于父母患胃肠间质瘤，儿女就一定会得间质瘤。其实不仅胃肠道间质瘤，所有与遗传相关的一些疾病，如胃癌、肠癌等，只是说它与遗传有一定关系。如果父母患有此类疾病，则儿女患病的可能性会比普通人要高，但并不等于就一定会患病。

还有可能是在遗传背景和生活方式等后天因素共同作用下的结果。遗传背景无法改变，但可通过健康的生活方式，多进行体检来预防肿瘤的发生。