出血性肠炎的治疗主要有两种，非手术治疗，其中包括一般治疗，要注意休息、禁食。腹痛、便血和发热期应完全卧床休息和禁食，直至呕吐停止，便血减少，腹痛减轻时方可进食流质饮食，以后逐渐加量。禁食期间应静脉补充高营养液，如10%的葡萄糖、复方氨基酸和水解蛋白等。过早摄食可能导致疾病的复发，但过迟恢复进食又可能影响营养状况，延迟康复。腹胀和呕吐严重者可做胃肠减压，腹痛可给予解痉药物。

另外，要注意纠正水电解质的紊乱。本病失水、失钠和失钾者较多见，可根据病情，酌情给予输液总量和成分输液。

另外，要抗休克，迅速补充有效的血容量，除补充晶体溶液外，应适当输血浆、新鲜全血和人体血清白蛋白等胶体，血压不升者，可配合血管活性药物治疗。

另外，要联合抗生素，控制肠道内的感染，可减轻临床症状，常用的抗生素有氨基苄青霉素、氯霉素、庆大霉素、卡那霉素。

另外，还要应用肾上腺皮质激素，可减轻中毒症状，抑制过敏反应，对纠正休克也有帮助，但有加重肠出血和触发肠穿孔的危险。

最后，对疼痛的对症治疗。高热烦躁者可予吸氧、解热药、镇静药，予以物理降温。如内科治疗无效，可以选择手术治疗。