肺动静脉瘘大多数发生在肺部的一叶或一段，可以通过微创胸腔镜发现异常的动脉和静脉，即造成瘘的动脉和静脉，通过手术把病变切除。一般只需切除病变肺段，无需做肺叶的切除。

若把动脉和静脉的瘘切除掉，则不会存在动脉到静脉的短路，可以改善心脏功能，即可治愈先天性肺动静脉瘘。若整个肺叶存在严重的肺动静脉瘘，则可能造成心功能影响，如右心衰竭等。