真菌性肺炎相对是病程比较长的一种肺炎类型，在临床上选择抗真菌的药物需要使用4周左右的时间，如果病情相对比较严重治疗时间需要延长，疗程需要达到2个月左右才能够治疗彻底，一般选择的药物有两性霉素B、灰黄霉素、氟康唑等。

尤其是在临床上对于本身有基础性疾病比如肺结核、糖尿病、艾滋病以及肿瘤等，需要随时复诊监测真菌性肺炎的病情，随时防止患者的免疫力下降而使真菌入侵导致其复发。