大部分肺间质纤维化的病人的病因是和免疫相关的，还有很多病因是不太明确的，特别是年轻人，多数的早期的间质纤维化都是和免疫的损伤和免疫系统的功能异常有关系。比如红斑狼疮、风湿、类风湿这些发病很多都是伴发的。

有些病人早期是以间质的问题来就诊，但是通过检查发现可能最根本的病因是免疫因素，随着年龄的增长到老年人的间质纤维化可能也和慢性的肺疾病，比如慢性支气管炎、慢阻肺等后期也会合并有一些间质的问题，还有跟感染和炎症也有一定的关系。