生殖器疱疹病毒就是单纯疱疹病毒二型，其治疗分为初发性、复发性以及频繁发作。

对于首次发作的患者，一般采用阿昔洛韦、伐昔洛韦或者泛昔洛韦口服治疗，7-10天为一个疗程。一般一个疗程以后，患者的水疱会慢慢减少，疼痛慢慢消失。对于生殖器疱疹复发的患者，可以采用间歇性疗法，选用的药物和上一次相同即可，一般5天为一个疗程，但是最好在出现前驱症状或水疱之前就开始进行治疗，尤其是在24小时之内开始治疗，效果更好。

临床上有很多患者会频繁的发作，一年甚至发作6次以上，对于这样的患者可以采用持续抑制疗法，一般需要连续口服抗病毒药物6-12个月。