发生生殖器尖锐湿疣时，可以考虑药物治疗、物理治疗，严重时也可以考虑手术治疗。药物治疗由于个体差异大，用药不存在着绝对最好、最快、最有效，除常用的非处方药物以外，应在医生指导下，充分结合个人情况，选择最合适的药物，可以首选咪喹莫特乳膏。

为了提高疗效，可以联合物理治疗办法，常用的物理疗法包括冷冻治疗、激光治疗、电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等，这些物理治疗是通过直接的破坏作用来清除皮损。当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛，药物及冷冻等治疗无法去除皮损时，则可以选择手术切除。