尖锐湿疣的治疗，有外用药和口服药，一般外用药都是腐蚀剂，可以选择咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、复方足叶草酯涂剂、氟尿嘧啶乳膏或者派特灵。

当疣体去除以后，可以局部外用抗病毒干扰素软膏，此外可以口服抗病药伐昔洛韦片或提高免疫力的药物，可以吃溶菌酶肠溶片或胸腺五肽。还可以打针，用干扰素局部注射，这样效果较好。