扁平疣变红、变大，考虑进展期的可能比较大，此时皮疹数目骤然增多，出现面积扩大以及瘙痒的感觉。

此时如果有外伤或抓伤史，可以沿伤痕部位出现扁平疣的同形反应，出现沿破损部位排列的扁平丘疹。在临床治疗方面可以外涂重组人干扰素α2B软膏、咪喹莫特软膏，抗病毒治疗。

如果仍旧未有明显缓解，需要肌注卡介菌多糖注射液，以便提高机体的免疫能力，增强抗病毒能力。还需要应用液态氮冷冻、电离子灼烧的方式破坏疣体，促进病情好转。