尖锐湿疣的治疗，应根据疣体的部位和大小，选择治疗方法，可以达到最佳的治疗效果，减少毒副作用的发生。但是目前无论何种方法治疗都有复发的可能，最好的治疗方案是采取联合的方法，比如药物治疗加物理治疗，及免疫疗法相结合，能大幅度减低复发率。

患者应该避免性行为，注意洗浴用品及内衣，内裤清洁卫生，避免物品的间接感染。主要的治疗方法，物理治疗，如激光、冷冻、电烧，大疣体可以手术治疗。局部应用咪喹莫特、酞丁安擦剂、与尿道内艾拉光动力疗法相结合，治疗效果比较好。