粪便移植的主要作用为调整重建患者肠道菌落群平衡，以达到治疗消化系统疾病的目的，此疗法的适用病症包括有慢性肠炎、肠易激综合征、肠道菌群失调症等。肠道菌落群失衡状态，不仅会导致消化系统组织无法正常分解、吸收各种营养物质，并且会造成肠道免疫能力低下，更为容易受到致病菌感染。

通过粪便移植治疗可以利用有益菌群的占位作用，纠正患者菌落群失衡状态，恢复肠道乃至整个消化系统的微生物环境结构，以达到治疗消化系统性疾病的作用。另外粪便移植疗法对于糖尿病、高血脂症、营养缺乏症等其他系统性疾病，也具有显著的治疗效果。