口腔臭与肠胃疾病、咽喉疾病、口腔疾病有关。有不少肠胃方面的疾病，都会导致口腔臭的现象，比如慢性胃炎、胃溃疡、消化不良等，这些疾病会导致胃的蠕动缓慢，食物在胃内与消化液发生反应，产生酸腐的味道，并且通过食道散发出来，尤其是胃内有幽门螺旋杆菌感染的患者，口腔内大多数都会伴有异臭的味道。

部分人的咽喉疾病属于化脓性的咽喉炎，都会导致咽喉部位存在有大量的脓性物质，因此导致口腔就会出现发臭。部分人口腔臭是由于口腔疾病造成，比如本身患有口腔溃疡、牙龈炎、牙周炎等疾病的人通常伴有口臭，这些疾病会导致牙龈中含有腐败的物质，所以会散发出一股臭味。