功能性消化不良临床上没有明显器质性病变，大部分患者没有严重后果，其危害主要有以下几方面：

1、可能隐藏有其他器质性病变，如胃癌；也可能患有其它疾病，如甲减等；

2、长期消化不良，可能会引起营养不良，引起其他疾病。

功能性消化不良是所有消化道疾病最起初的症状，及时发现及时医治，可以有效的将疾病控制在最小的范围内。