双侧侧脑室旁腔隙性脑梗死的治疗，和普通腔隙性脑梗死的治疗一样，如果病人在急性期，可以给予抗血小板聚集，同时配合改善循环、活血化瘀的药物，以及清除氧自由基脑保护的药物。

如果病人过了急性期，可以启动脑血管的二级预防，如果病人胃肠比较好，可以口服阿司匹林。如果患者有高血压，建议患者口服长效的降压药，使血压平稳的控制在140/90mmHg以下。如果病人有高血糖，建议空腹血糖控制在7-8mmol/L左右，餐后血糖不高于12mmol/L左右，同时建议患者低盐低脂饮食，适当的运动，定期检查血脂、血糖、血清同型半胱氨酸以及血管彩超。如果病人有动脉硬化，而且有斑块，可以考虑使用保护血管内膜的他汀类药物治疗。