宫外孕药物治疗也就是保守治疗，有可能会有以下危害和副作用：

1、应用药物保守治疗达不到使胚胎完全杀死的目的，会继续妊娠，最终需要开腹手术或者通过腹腔镜手术进行治疗。

2、宫外孕在用药物治疗期间，绝大部分应用的是西药，比如抗肿瘤的药物给予相应的治疗，主要是将宫外孕的胚胎杀死，会使机体的抵抗力出现下降或者免疫力出现下降。

宫外孕如果没有手术指征，需要给予保守治疗，保守治疗总比不治疗宫外孕造成的危害要小得多，所以即使是在保守治疗过程中会造成一定的副作用，也要给予相应的治疗。