强直性脊柱炎是一种具有高度遗传性疾病，有明显的家族聚集现象，目前认为HLA-B27基因位点与强直性脊柱炎的发病有明确关系。除了遗传因素，还有感染因素，特别是感染，目前研究最多的是泌尿生殖系统感染及肠道感染。

泌尿系统感染比较常见的是沙眼衣原体感染；肠道感染有志贺菌、沙门菌和结肠耶尔森菌感染，认为可能和强直性脊柱炎的发病有关系。强直性脊柱炎患者在有遗传易感基因的背景上，在环境因素，例如感染诱发下，导致自身免疫性炎症反应，可促使疾病发展。