反应性关节炎可能会复发。大多数反应性关节炎的患者具有自愈倾向，病程持续3-6个月之间，甚至可以长达1-2年，最终病情可以恢复，表现为症状完全消失以及不遗留任何后遗症。但大约有15%的患者会反复的复发，但是复发的原因目前并不清楚，是重复感染导致还是病情一直未控制。这部分患者最终可能病程反复迁延，最终转化为慢性残毁性关节炎。

还有一部分患者大约占10%，最终发展为其他脊柱关节病，比如银屑病关节炎、强直性脊柱炎或者肠病相关性关节炎，这种类型的关节炎患者需要长期服用药物进行治疗。