子宫内膜巧克力囊肿，可以通过手术的方式和药物的方式来进行治疗，例如子宫内的巧克力囊肿如果是在三公分以上，是没有办法进行药物来进行治疗的。尽可能还是要通过腹腔镜下的巧克力囊肿拨出手术，帮助把囊肿剥除。然后再进行手术，用药物例如醋酸戈舍瑞林缓释植入剂来进行预防巧克力囊肿的复发，它的复发几率会非常高，会存在有20%-40%的几率。

子宫内的巧克力囊肿是比较小的，是在三公分以下，可以用观察的方法，例如可以每3个月或者半年做1次彩超，来判断一下巧克力囊肿有没有存在持续性的增大。同时也可以口服的孕激素，例如内美通，可以调理月经周期，也可以治疗缓解巧克力囊肿频繁复发的几率发生。