多发肾脏囊肿还有结石需要住院治疗，住院是最好的治疗方法。多发肾脏囊肿伴有结石，需要进行评估，是先治疗肾脏囊肿，还是先治疗结石。需要根据囊肿的情况和结石的大小、位置等，来进行综合的判断。同时需要明确患者是多发肾脏囊肿还是多囊肾。

多囊肾属于一种遗传性的疾病，可以终身的进展，最终发展至肾衰竭尿毒症的阶段，所以它需要进行终身的治疗。而多发肾脏囊肿，则属于一种后天性的疾病，可以进行肾脏穿刺引流减压，也可以进行腹腔镜的手术治疗。但一般是多发肾脏囊肿压迫到肾脏，或者体积大于4cm上才进行手术。而肾脏的结石如果小于6mm以下，则主要以排石治疗为主。

如果超过6mm以上，则需要进行体外冲击波碎石或者手术。但是多发肾脏囊肿或者多囊肾，都是体外冲击波碎石的相对禁忌。所以最好是经过微创手术治疗来清除结石，这时就需要了解肾脏结石的大小、位置。

这些都需要进行住院检查、评估以后来制定最合理的治疗方案。