卵巢囊肿的确诊及其良性和恶性的判断，可以通过以下检查进行：

1、B超检查，卵巢囊肿一般可以通过腹部彩超或者阴道超声检查来确诊，准确率可以达到90%。B超检查应该尽量避开排卵期，在月经干净1周之内进行。这个时候可以更好的判断是生理性的囊肿还是病理性的囊肿。超声检查可以显示卵巢囊肿的形态、大小、个数、囊肿内部的性质、分隔以及血流信号；

2、CT和核磁：CT、核磁能更清晰地观察卵巢囊肿的形态，以及有没有淋巴结的转移。良性的囊肿多数边界清晰、光滑，一般没有淋巴结增大，而恶性的肿瘤多数轮廓不规则，和周围组织界限不清，常常伴有腹水还可以有淋巴结的增大；

3、肿瘤标记物检查：若囊肿为恶性的卵巢肿瘤，它和其他的肿瘤一样，能够制造和释放抗原、激素以及酶多种产物，这些物质在患者的血清中，可以通过免疫学、生化等方法测出来，我们把这些物质称为肿瘤标记物。肿瘤标记物阳性常常提示体内存在某种肿瘤，比如说抗原标志物CA125，CA125它是卵巢肿瘤较敏感的肿瘤标记物。AFP是内胚窦瘤最好的肿瘤标记物，未成熟畸胎瘤的患者AFP也会升高。AFP的升高常先于临床体征，它在我们临床的诊断以及监护术后有没有复发方面，有重要的意义。其次就是激素标记物，临床上最常用的是绒毛膜促性腺激素，即HCG，它是妊娠滋养细胞疾病特异性很高的标志物。卵巢绒癌的患者血清浓度也会升高。颗粒细胞瘤、卵泡膜细胞瘤患者，雌激素水平往往升高。30%的睾丸母细胞瘤患者，尿17-酮类固醇的排出量明显增高。其次是酶标记物乳酸脱氢酶LDH，在卵巢恶性肿瘤患者的排出量也是增高的；

4、腹腔镜检查：腹腔镜可以直接看到肿物的大体情况，可观察整个盆腹腔，对囊肿的形态、结构、囊肿与周围组织的关系，有一个直观的判断，并在可疑的部位进行多点活检。