药物流产胚胎组织排不出来有以下原因：

一、药物流产的适应证没有掌握好，在怀孕5-7周之间可以药物流产，如果超过了7周往往会出现失败。

二、药物流产的时候服药没有按照医嘱的要求服用，剂量过小没有导致胚胎被杀死，所以排不出来。

三、个别人对药物流产并不敏感，所以就会导致药流失败，因为个体差异不同，每个人对药物的敏感程度也不相同。

一旦对药流的药物不敏感不能将胚胎杀死，也不会排出来妊娠产物，可以行清宫手术将妊娠产物排出，并且在术后口服益母草促进子宫收缩。