巧克力囊肿在药物治疗或者手术治疗后容易造成不孕，如果出现不孕，主要针对病因进行治疗。

输卵管不通造成的可以选择药物或者手术治疗来疏通输卵管，因为输卵管不通大多数是因为炎症造成的，可以给予抗炎药物或者中成药口服，比如金刚藤颗粒、坤复康胶囊等，也可以采取大青盐热敷、深部热疗等物理方法治疗，治疗后可以在月经干净的3-7天复查输卵管。

如果是因为排卵障碍造成的要促进排卵的治疗，可以口服克罗米酚胶囊或来曲唑片，药物治疗或手术治疗效果欠佳也可以进行辅助生殖技术助孕，使女性能够早日怀孕。