新生儿脑炎的后遗症，如果是病毒性脑炎，后遗症主要表现为语言的迟钝、瘫痪、吞咽困难、耳聋、癫痫等神经系统的损害。还可表现为痴呆、记忆力、理解力的减退、智力低下、表情淡漠、眼神呆滞、有攻击性的行为、易激惹以及认知功能的异常，还可表现为多汗、流涎等自主神经功能的失调。

细菌性脑膜炎的后遗症比较严重，包括有意识障碍、听力的丧失、运动障碍、视力障碍、癫痫、脑积水。较轻的后遗症包括有行为的问题、学习困难、肌张力降低等表现。新生儿出现惊厥，尖叫，喂养困难，发热等表现，要及时就诊，避免延误治疗，造成不良后果。