母乳喂养的新生儿出现消化不良的主要治疗方法如下：

1、母亲应当清淡饮食，尽量减少进食油腻食物、油炸食物以及高蛋白食物，可以减少乳汁中脂肪的含量，减轻患儿消化不良的症状。

2、药物治疗，可给予助消化药物如胃蛋白酶、消食片等，改善胃肠功能药物如多潘立酮、莫沙必利等，调整肠道菌群药物如乳酸菌、双歧杆菌以及地衣芽孢杆菌等。

3、可对消耗不良的新生儿进行抚触，帮助肠道消化4、严禁对新生儿添加母乳以外的食物以免加重消化不良。